Die Umweltstiftung Stuttgarter Hofbräu unterstützt Maßnahmen zum Schutz und zur Wiederherstellung von Gewässern, etwa naturnahe Gestaltung von Quellfassungen oder Renaturierung kleiner Bäche, Tümpel und Weiher.
2013 wurde das Naturdenkmal „Schwarzer See“ auf dem Lemberg bei Affalterbach entschlammt. Der dunkle Tümpel war um 1970 Lebensraum für geschützte Arten wie Teichmolch, Feuersalamander und Erdkröte, verschlammte aber zunehmend und wurde von Laub und Holz bedeckt, sodass Amphibien verschwanden.
Zur Wiederbelebung entfernte man im Winter per Bagger Schlamm, im Frühjahr verteilte die Jugendfeuerwehr Affalterbach Laub und Schlamm auf umliegende Flächen und entsorgte Unrat. Eine Exkursion im Sommer zeigte, dass wieder mehr Leben am Wasser ist.
Die Stiftung übernahm die Baggerkosten (2.500 €), die Jugendfeuerwehr arbeitete ehrenamtlich. Als Dank lud die Stiftung zum Vesper ein und übergab einen Scheck für weitere Naturschutzarbeiten.
Ein mehrfach von der Umweltstiftung Stuttgarter Hofbräu gefördertes Projekt ist die Sicherung und Renaturierung der Saalbachniederung nordwestlich von Bruchsal. Das rund 300 Hektar große Wiesengebiet ist Lebensraum seltener Vogelarten wie Teichrohrsänger, Feldlerche, Grauammer, Wachtel und besonders vieler Weißstörche.
Seit etwa 1975 erwirbt oder pachtet der NABU dort Flächen und gestaltet sie storchengerecht. So entstand ein drei Hektar großes Feuchtgebiet mit Flachgewässern.
2005 unterstützte die Umweltstiftung die NABU-Ortsgruppe Hambrücken bei der Erweiterung dieser Gewässer um zwei 30–40 cm tiefe Flachwasserzonen. Dafür wurde eine 20 Ar große Fläche ausgebaggert, der Erdaushub auf Acker verteilt.
Das Projekt zeigt die gute Zusammenarbeit von Ehrenamt, Behörden und Stiftung: Die Stadt Bruchsal erteilte die Genehmigung, der NABU betreute die Anlage, die Stiftung finanzierte den Maschineneinsatz (ca. 5.000 €).